基础医学院办公室下设党政办公室、教学办公室、科研办公室、学生工作办公室。

党政办公室：主要负责学院党政事务，宣传联络，组织人事，财务管理，档案管理，后勤保障，工会工作，保密工作等。是学院党委和行政工作的综合协调管理机构，主要职责是协调落实学院领导布置的各项工作，沟通学院上下和联系校内外，为全院教职员工和学生服务。

教学办公室：主要负责学院本科和研究生的教学组织、运行与管理，专业建设、课程建设、教材建设、实践教学建设、教学质量监控、新教师岗前培训等各项教学改革与建设工作；师资队伍建设和培训工作。负责学院学位点建设、合格与专项评估等管理工作。负责各类研究生招生专业目录的编制工作，命题、复试的组织工作以及录取工作。负责本科生和研究生的培养管理工作。负责学科建设、管理评估等工作。

科研办公室：主要负责各级各类科研项目管理（申报、过程、结项、经费等管理）和规划管理。负责各级各类科研奖项管理。做好科研档案的管理工作。负责科研成果推广与宣传、转化服务。协助组织各类学术活动。协助召集学术委员会会议。

学生工作办公室：负责学院本科生及研究生思想政治教育、日常事务管理的常设机构。具体负责思想理论教育和价值引领；党团和班级建设；学风建设；学生日常事务管理；心理健康教育与咨询工作；网络思想政治教育；校园危机事件应对；职业规划与就业创业指导；理论和实践研究；参与学院建设发展等工作。